Tato stavba funguje jako podzemní bunkr s válečnou místností a slouží pro plánování a provádění tajných operací. Většina informací zde uložených nese označení „Přísně tajné“, což z této stavby dělá spolu s Command Centrem oblíbený cíl zlodějů dat. Provádí se zde příprava Ghostů a vyrábějí se zde některé speciální technologie pro jejich skafandry jako optika, reaktor , maskovací zařízení a uzamykací střely . Budova CovertOps musí být připojena k Science Facility .